En el arranque, el elenco de Leonardo Astrada se preparaba para el Torneo Clausura 2010, mientras que Roberto Pereyra tendría su debut el 7 de marzo en el clásico ante Independiente. En el Torneo Apertura 2009 solo jugaría 5 partidos, 2 de suplente y 3 de titular. El 22 de noviembre, volvió a marcar dos goles en la victoria a domicilio sobre el Napoli por 3:1, que fue también su octava aparición consecutiva en la liga con al menos un gol.
