En 1984 el club alcanzó su primer ascenso a la Serie C2, el nivel más bajo del fútbol profesional en Italia. En la temporada 2010/2011, el Villareal llegaría a un acuerdo con el Udinese por el traspaso del colombiano a la Liga española. El 23 de enero de 2011 le marcó un gol al Inter de Milán que le dio la victoria a su equipo por 3-1. La semana siguiente, el 30 de enero, anotó un gol contra la Juventus en la victoria de Udinese de visitante por 2-1. Zapata fue nombrado el Mejor Central de la Serie A durante 2 temporadas consecutivas gracias a su buen rendimiento con el Udinese a pesar de su corta edad.
