Illgner disputa toda la temporada 98-99 como titular indiscutible del conjunto blanco. La temporada 99-00 Illgner la inicia como titular, pero una serie de lesiones primero, y la irrupción de Iker Casillas después, le apartaron de la titularidad. Temporada que se saldó con la consecución de la Copa Intercontinental ante el Vasco da Gama. Fue titular contra Países Bajos (0-0) y, en octavos de final ante México, entró en el minuto 84 y anotó un gol en el tiempo de descuento que hubiera marcado el desempate, juventus equipacion pero se lo anuló el juez de línea.
