Además, el Atlético de Madrid cuenta, a través de la Fundación Atlético de Madrid, con escuelas de fútbol base sitas geográficamente de forma estratégica, la mayoría, en la Comunidad de Madrid. El filial se llamó Atlético Amorós entre 1994 y 2000 por la vinculación que tuvieron las escuelas de fútbol base del Club durante esos años con el madrileño Colegio Hermanos Amorós y su equipo el CD Amorós. En cuanto a sus apariciones en la máxima competición europea de clubes, el club la ha disputado un total de dieciséis ocasiones, sumando las participaciones tanto en el actual formato de Liga de Campeones (ocho presencias), como en la originaria Copa de Campeones de Europa. Es el sexto club con más participaciones tras Real Madrid Club de Fútbol, Fútbol Club Barcelona, Athletic Club, Valencia Club de Fútbol y RCD Espanyol. Su salida de Anfield rompe una de las delanteras míticas de los últimos años del fútbol europeo y le pone ante un gran reto, demostrar en el Bayern que su fútbol, lejos de estar agotado, está en su mejor momento.
Sin duda, Canales ha sido una de las claves para que el conjunto verdiblanco haya peleado por un puesto de Champions hasta el último momento y para que haya ganado el título de Copa del Rey en la final ante el Valencia. Rayo Majadahonda (de Majadahonda), el Atlético Concilio (de Alcobendas), el Talavera CF (de Talavera de la Reina), el CP Flecha Negra (de Badajoz), la UD Algete (de Algete), el Unión Adarve (de Madrid), el Don Bosco CF (de Córdoba), el DAV Santa Ana (de Madrid), el Torre Levante CF (de Valencia), el Puerta Bonita (de Madrid), la UD Santa Marta (de la provincia de Salamanca), la AD Villa Rosa (de Madrid), etc. En categoría juvenil, el Atlético de Madrid ha sido dos veces Campeón de Campeones y otra subcampeón, cinco veces campeón de la Copa del Rey y diez veces campeón de Liga de División de Honor. El filial del primer equipo de fútbol es el Club Atlético de Madrid B, fundado en 1963 como Reyfra Atlético Club y que actualmente juega en Segunda División B de España. Existió un segundo equipo filial, el Club Atlético de Madrid C, fundado en 1972, que jugó en Tercera División. De la misma forma, el Atlético de Madrid tiene un convenio de colaboración con varios equipos españoles (la mayoría de ellos de la Comunidad de Madrid).
Una norma federativa obligaba a todos los clubes profesionales a tener un mínimo de cuatro equipos en sus categorías inferiores, por lo que, a fin de poder cumplir esta norma, Gil mantuvo el control del Atlético de Madrid B y cedió el nombre, escudo, camisetas y campo de entrenamiento a dos equipos juveniles y uno cadete, aunque en realidad estos tres equipos estaban desvinculados del Atlético de Madrid, pues no recibían ningún tipo de ayuda económica del mismo. En junio de 1992 el entonces presidente del Atlético de Madrid, Jesús Gil, suprimió las categorías inferiores del Club por considerarlas inviables económicamente. Sin embargo, la condena finalmente no pudo aplicarse debido a que el Tribunal Supremo, en 2004, determinó que la Audiencia Nacional incurrió en un defecto de forma en la emisión de la sentencia condenatoria, de manera que, como consecuencia de ello, el delito cometido, jurídicamente, pasó a quedar prescrito, lo que significó que ni los herederos de Jesús Gil (en el momento de la publicación de la sentencia del Tribunal Supremo, Jesús Gil ya había fallecido) ni Enrique Cerezo tuvieron que devolver las 236 056 acciones adquiridas fraudulentamente.
El mal momento de los ‘Red Devils’ le ha penalizado, aunque es evidente que, además, influyen en su rendimiento otros factores como la edad (37 años) o una movilidad cada vez más reducida que limita su radio de acción y área de influencia. Por otro lado, un canterano debe permanecer al menos tres años en edad formativa en el club (15-21 años) para ser considerado como tal. En 2003, tanto Jesús Gil como Enrique Cerezo fueron condenados por la Audiencia Nacional en el llamado «Caso Atlético», por un delito de apropiación indebida, al obtener la mayoría accionarial del club sin la aportación de capital alguno. Destacan en la historia del club los jugadores que más años estuvieron bajo disciplina del club, el extremeño Adelardo Rodríguez, el andaluz Enrique Collar y el madrileño Carlos Aguilera con un total de diecisiete, dieciséis y quince temporadas respectivamente en el primer equipo y Adelardo fue además el jugador que más títulos oficiales logró como jugador del club con un total de diez. A lo largo de su historia el Atlético de Madrid ha tenido un total de 75 entrenadores, entre los cuales, camiseta de la juventus 2022 el que ha permanecido mayor tiempo en el puesto ha sido Luis Aragonés.